自治区工商局是自治区人民政府主管市场监督管理和行政执法工作的直属机构，对全区工商行政管理系统实行垂直管理。主要职责是：

1、贯彻执行国家有关工商行政管理的方针、政策和法律、法规，拟定工商行政管理的地方性法规、规章。
2、组织管理工商内、外资企业和从事经营活动的单位、个人的注册；依法核定注册单位名称，审定、批准、颁发有关证照，实行监督管理。
3、组织监督检查市场竞争行为，查处垄断和不正当竞争案件，依照法律、法规打击流通领域的走私贩私行为和经济违法违章行为。
4、组织保护消费者合法权益，组织查处违犯消费者权益案件，组织查处市场管理和商标管理中的经销掺假及假冒产品行为。
5、组织管理经济合同，查处利用经济合同的违法行为；组织管理动产抵押物登记，组织监管拍卖行为。
6、组织实施各类市场经营秩序的规范管理和监督。
7、组织管理经纪人、经济机构。
8、组织管理商标注册工作，认定著名商标，组织查处商标侵权案件。
9、组织管理全区广告发布与广告经营活动。
10、组织管理全区个体工商户、个人合伙和私营企业的经营行为。
11、领导全区工商行政管理业务工作。
12、管理全区工商行政管理系统人事、财务、装备等工作。
13、承办自治区人民政府交办的其他事项。